Convergence de quelques opĂ©rateurs sur les bicliques d’un graphe multiparti

Christophe Crespelle

Jeudi 22 novembre 2012 Ă  11h, salle 25-26/101

Nous Ă©tudions un procĂ©dĂ© itĂ©ratif de factorisation de bicliques dans un graphe multiparti, venant de la modĂ©lisation des graphes de terrain. Ce procĂ©dĂ© itĂ©ratif, qui prend en entrĂ©e le biparti d’incidence cliques-sommets d’un graphe, ne termine pas pour tous les graphes. Et dans les cas oĂą il ne termine pas, il ne fournit pas un objet adĂ©quat de modĂ©lisation. Ici, nous cherchons donc Ă  contraindre ce procĂ©dĂ©, aussi lĂ©gèrement que possible, pour obtenir sa terminaison sur tout graphe. Nous dĂ©finissons trois variantes de ce procĂ©dĂ©. Pour deux d’entre elles, appelĂ©es facteur propre et facteur fort, nous montrons qu’elles terminent toujours. Pour la troisième de ces variantes, appelĂ©e facteur faible, nous exhibons un graphe sur laquelle elle ne termine pas. Nous montrons Ă©galement que le graphe multiparti sur lequel termine la sĂ©rie des facteurs propres a une propriĂ©tĂ© remarquable: ses sommets sont en bijection avec les Ă©lĂ©ments du demi-treillis infĂ©rieur des intersections des cliques maximales du graphe de dĂ©part.

Analysis of Modular Organisation of Interaction Networks Based on Asymptotic Dynamics

Franck Delaplace

Jeudi 18 octobre 2012 Ă  10h30, salle 25-26/101

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In this talk, we investigate the questions related to modularity in biological interaction networks. We develop a discrete theoretical framework based on the analysis of the asymptotic dynamics of biological interaction networks. More precisely, we exhibit formal conditions under which agents of interaction networks can be grouped into modules, forming a modular organisation. Our main result is that the conventional decomposition into strongly connected components fulfills the formal conditions of being a modular organisation. We also propose a modular and incremental algorithm for an efficient equilibria computation.

Réseaux dynamiques : de la mesure à la modélisation

Alain Barrat

Vendredi 21 septembre 2012 Ă  14h, salle 25-26/101

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Dans la dernière dĂ©cennie, une importante activitĂ© de recherche s’est dĂ©veloppĂ©e au sujet des rĂ©seaux complexes, en grande partie motivĂ©e par le fait que de nombreux systèmes peuvent ĂŞtre reprĂ©sentĂ©s par des rĂ©seaux, c’est-Ă -dire un ensemble de sites ou sommets reliĂ©s par des liens. Je prĂ©senterai ici la problĂ©matique concernant les rĂ©seaux complexes dynamiques, via divers exemples : les rĂ©seaux d’infrastructure et les rĂ©seaux sociaux. Dans ce dernier cadre, je prĂ©senterai en particulier le projet SocioPatterns (http://www.sociopatterns.org/), qui a dĂ©veloppĂ© dans les dernières annĂ©es une infrastructure capable de mesurer les interactions sociales en temps rĂ©el dans un espace limitĂ©, comme une confĂ©rence, des bureaux, un hĂ´pital…, et Ă©tudie les rĂ©seaux sociaux dynamiques correspondants. Je prĂ©senterai les rĂ©sultats obtenus par les dĂ©ploiements de cette infrastructure, qui rĂ©vèlent des rĂ©gularitĂ©s inattendues dans les interactions sociales. Je prĂ©senterai Ă©galement un modèle de dynamiques sociales qui reproduit un certain nombre de faits observĂ©s empiriquement, et je discuterai quelques consĂ©quences de la dynamique du rĂ©seau sur les processus qui s’y dĂ©roulent. Je conclurai par les perspectives qu’offre le domaine des rĂ©seaux dynamiques.

Modèles de graphes alĂ©atoires pour l’analyse de rĂ©seaux

Pierre Latouche

Jeudi 14 Juin 2012 Ă  11h, salle 26-00/101

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Les rĂ©seaux sont largement utilisĂ©s en sciences sociales afin de dĂ©crire les intĂ©ractions entre individus. Dans ce contexte, de nombreuses mĂ©thodes non-supervisĂ©es de clustering ont Ă©tĂ© dĂ©veloppĂ©es afin d’extraire des informations, Ă  partir de la topologie des rĂ©seaux. La plupart d’entre elles partitionne les noeuds dans des classes disjointes, en fonction de leurs profils de connection. RĂ©cemment, des Ă©tudes ont mis en Ă©vidence les limites de ces techniques. En effet, elles ont montrĂ© qu’un grand nombre de rĂ©seaux « rĂ©els » contenaient des noeuds connus pour appartenir Ă  plusieurs groupes simultanĂ©ment. Pour rĂ©pondre Ă  ce problème, nous proposons le modèle Ă  blocs stochastiques chevauchants, Overlapping Stochastic Block Model (OSBM) en anglais. Cette approche autorise les noeuds Ă  appartenir Ă  plus d’une classe et gĂ©nĂ©ralise le très connu Stochastic Block Model, sous certaines hypothèses. Nous proposons un algorithme d’infĂ©rence permettant de classer les nouds d’un rĂ©seau, ainsi qu’un critère de sĂ©lection de modèles pour estimer le nombre de classes. Nous utilisons ces travaux pour analyser la blogosphère politique française.

Complex Networks approach to Mutualistic Ecosystems

Laura Hernandez

Jeudi 24 mai 2012 Ă  11h, salle 25-26/101

Mutualistic ecosystems are usually groups of animals and plants, helping each other to fulfil essential biological functions such as feeding or reproduction as in seed dispersal or pollination networks. Such systems may be described in terms of a complex network, where the nodes represent the animal or plant species and the links represent the existence of a contact between a plant and an animal species. As only contacts between nodes belonging to different guilds are allowed, the corresponding network is bipartite. Coding this information in a bipartite adjacency matrix, it is observed that real ecosystems are not a random collection of interacting species, but they display instead, a high degree of internal organization. Different hypothesis are discussed in the ecological literature to explain this particular order. It is fairly obvious that a detailed explanation of the interaction behaviour of individual species can be of little help to understand the generalized pattern that is found across ecological systems of very different sizes and types, that involve plants of different nature and animals that range from insects to birds. The tools commonly used by ecologists to study these systems are based on the statistical analysis of observed data. In this talk I will present an alternative way to study this problem, by introducing an algorithm that allows us to try different supposed hypothesis in the form of a Contact Preference Rule (CPR) that governs the dynamics of the system. Starting from a random configuration the system is evolved under the studied CPR and the comparison of the order state reached by this artificial system with the order observed in real systems allows us to decide whether a CPR may be considered or not as responsible for the observed order. In particular, I will introduce a new way to measure the order of mutualistic ecosystems and I will discuss about the relationship between the phylogenetic proximity of the members of each guild and the observed order.

Classifying Relationships in Social Networks

Aline Carneiro Viana

Lundi 14 mai 2012 Ă  11h, salle 25-26/101

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The constant advancement of information systems has allowed more data to be generated and stored from the most diverse situations. It is fascinating that, behind these records, we see the reflection of the environment itself, since every record represents a decision made by some entity. In this work, we modeled real-world scenarios of mobility from using temporal complex networks. The analysis assumes that these systems are composed of entities able to interact in a rational manner, reflecting their interests and activity dynamic. In this direction, we propose a technique for analyzing mobility scenarios from random graphs. This technique examines how the real system would evolve if the agents decisions were random, and from there, you can check, for example, which edges are random and which are derived from social relationships, such as friendship or professional.

Impact of clustering on epidemics in random networks

Emilie Coupechoux

Lundi 2 avril 2012 Ă  14h, salle 55-65/211

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Motivated by the analysis of social networks, we study a model of network that has both a given degree distribution and a tunable clustering coefficient. We analyze two types of epidemic processes on this random graph model: a diffusion process, which is characterized by an infection probability, each neighbor transmitting the epidemic independently, and a contagion model, which is inspired by a simple coordination game played on the network. Both types of processes have been used to model spread of new ideas, technologies, viruses or worms and results have been obtained for random graphs with no clustering. In this talk, we are interested in the impact of clustering on the growth processes. In both cases, we characterize conditions under which a global cascade is possible, and compute the cascade size explicitly, as a function of the degree distribution and the clustering coefficient. While clustering inhibits the diffusion process (in power-law and regular graphs), its impact for the contagion process is more subtle and depends on the connectivity of the graph: in a low connectivity regime, clustering also inhibits the contagion, while in a high connectivity regime, clustering favors the appearance of global cascades but reduces their size.

Dynamics on and of subway networks

Camille Roth

Vendredi 2 mars 2012 Ă  14h, salle 25/26-101

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Subway networks shape, to some extent, the structure of movements of individuals across a city; similarly, they are being partially shaped by the presence of these individuals in the city. This talk will present two complementary studies describing the dynamic processes which subway networks both host and undergo. The first analysis focuses on dynamics processes occurring on the subway network of a large city (London) in terms of its commuting patterns. It uses the large scale, real-time electronic ticketing data from the Oyster Card system, introduced less than a decade ago, to reveal a part of the structure and organization of the city. More precisely, this study shows that patterns of intraurban movement are strongly heterogeneous in terms of volume, but not in terms of distance travelled, and that there is a polycentric structure composed of large flows organized around a limited number of activity centers. For smaller flows, the pattern of connections becomes richer and more complex and is not strictly hierarchical since it mixes different levels consisting of different orders of magnitude. The second study investigates the temporal evolution of the major subway networks in the world over the last century. The main result is that most of these networks tend to converge to a shape which shares some generic features, despite their geographical and economical differences. These features include a core with branches radiating from it to cover about twice the average radial extension of the core. The core generally includes about 60% of the network stations and exhibits an average degree of order 2.5. Interestingly, core and branches define two distinct and universal regimes in terms of the number of stations at a given distance from the barycenter. This result which was difficult to interpret in the framework of fractal geometry finds here a natural explanation. More broadly, these two types of studies open the way to more integrated analyses of the coevolution between the dynamics on and of subway networks.

Local community identification in social networks

Blaise Ngonmang

Jeudi 22 mars 2012 Ă  11h, salle 25-26/101

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In social networks, the detection of communities has gained considerable interest because it can be used for instance for visualization, recommendation in business applications or the analysis of the spread of infectious diseases. Many methods proposed in the litera- ture for the solution of this problem, assume that the structure of the entire network is known, which is not realistic for very large and dynamic networks. For this reason, approaches have been introduced recently to find the local community of a node. Most of these methods often fail when the starting node is at the boundary of a community. In addition, they are not able to detect overlapping communities. In this work, we propose new methods to find local communities that don’t have these drawbacks. Experiences on real and computer generated social networks such as Netscience, Amazon 2006 and Lan- cichinetti et al.’s benchmark show that these methods perform better than the solutions with which the comparisons were performed.

On Pagerank, teleportation and modelling dynamics in complex networks

Renaud Lambiotte

Jeudi 16 fĂ©vrier 2012 Ă  11h – salle 55-65/211

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In this talk, I will present recent results from 2 recent papers. i) Random teleportation is a necessary evil for ranking and clustering directed networks based on random walks. Teleportation enables ergodic solutions, but the solutions must necessarily depend on the exact implementation and parametrization of the teleportation. For example, in the commonly used PageRank algorithm, the teleportation rate must trade off a heavily biased solution with a uniform solution. Here we show that teleportation to links rather than nodes enables a much smoother trade-off and effectively more robust results. We also show that, by not recording the teleportation steps of the random walker, we can further reduce the effect of teleportation with dramatic effects on clustering. ii) The traditional way of studying temporal networks is to aggregate the dynamics of the edges to create a static weighted network. This implicitly assumes that the edges are governed by Poisson processes, which is not typically the case in empirical temporal networks. Consequently, we examine the effects of non-Poisson inter-event statistics on the dynamics of edges, and we apply the concept of a generalized master equation to the study of continuous-time random walks on networks. We show that the equation reduces to the standard rate equations when the underlying process is Poisson and that the stationary solution is determined by an effective transition matrix whose leading eigenvector is easy to calculate. We discuss the implications of our work for dynamical processes on temporal networks and for the construction of network diagnostics that take into account their nontrivial stochastic nature.

Dynamics on networks for communities, centralities and consensus

Jean-Charles Delvenne

Lundi 6 fĂ©vrier 2012 Ă  11h – salle 25-26/105

Dynamical systems taking place on networks, such as opinion dynamics, synchronization, consensus or random walks, reveal a lot about their structure. In particular we show, through a dynamical reinterpretation of well-known concepts, how centrality measures (such as pagerank, eigencentrality, etc.) and community detection quality functions (such as modularity, Potts, model, stability, etc.) are intimately related. The dynamical interpretation allows to design new centrality or community detection measures tailored for every particular application.

I Know Where You are and What You are Sharing: Exploiting P2P Communications to Invade Users’ Privacy

Arnaud Legout

Mardi 31 janvier 2012 Ă  11h – salle 25-26/101

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In this presentation, we show how to exploit real-time communication applications to determine the IP address of a targeted user. We focus our study on Skype, although other real-time communication applications may have similar privacy issues. We first design a scheme that calls an identified-targeted user inconspicuously to find his IP address, which can be done even if he is behind a NAT. By calling the user periodically, we can then observe the mobility of the user. We show how to scale the scheme to observe the mobility patterns of tens of thousands of users. We also consider the linkability threat, in which the identified user is linked to his Internet usage. We illustrate this threat by combining Skype and BitTorrent to show that it is possible to determine the filesharing usage of identified users. We devise a scheme based on the identification field of the IP datagrams to verify with high accuracy whether the identified user is participating in specific torrents. We conclude that any Internet user can leverage Skype, and potentially other real-time communication systems, to observe the mobility and filesharing usage of tens of millions of identified users.

Modèle d’optimisation pour les rĂ©seaux radio maillĂ©s

Hervé Rivano

Vendredi 20 janvier 2012 – salle 203-205 (bât 41)

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Les rĂ©seaux radio maillĂ©s sont une solution d’extension des infrastructures cellulaires. Ils permettent de densifier simplement le rĂ©seau en collectant le trafic d’utilisateurs vers un point d’accès Ă  l’infrastructure via des communications radio multi-saut. Cette densification permet une diminution des puissances d’Ă©mission, donc des consommations Ă©nergĂ©tiques, et un accroissement de la capacitĂ© offerte aux utilisateurs. Durant ce sĂ©minaire, nous prĂ©senterons des formulation en programmation linĂ©aire et gĂ©nĂ©ration de colonnes de l’optimisation du routage et de la configuration de tels rĂ©seaux et nous en servons pour Ă©tudier le compromis entre consommation Ă©nergĂ©tique du système et capacitĂ© du rĂ©seau sur des modèles au rĂ©alisme croissant. Nous concluons sur les perspectives d’une Ă©tude prenant en compte de manière dĂ©taillĂ©e l’environnement urbain dans lequel ces rĂ©seaux ont vocation Ă  ĂŞtre dĂ©ployĂ©s.

Gendarmerie, cybercriminalité et lutte contre les botnets

Eric Freyssinet

Jeudi 5 janvier 2012 Ă  11h – salle 25-26 / 101

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Présentation générale des activités contre la cybercriminalité de la gendarmerie nationale. Projet de recherche sur le cas spécifique des botnets.

Détection de communautés dans les réseaux dynamiques

Thomas Aynaud

Mercredi 30 novembre 2011 Ă  14h en salle 25-26 / 105

La plupart des graphes de terrain ont une structure particulière constituĂ©e de communautĂ©s. Les noeuds sont organisĂ©s suivant des groupes appelĂ©s des communautĂ©s avec beaucoup de connexions internes mais peu entre eux. L’identification des communautĂ©s apporte un Ă©clairage nouveau sur la structure du graphe et est importante dans de nombreux contextes. Elle a, par exemple, dĂ©jĂ  Ă©tĂ© utilisĂ©e pour la visualisation de graphes et pour Ă©tudier diffĂ©rents types de rĂ©seaux comme des rĂ©seaux sociaux ou biologiques. Nous allons Ă©tudier cette structure dans le cas des rĂ©seaux dynamiques. Pour cela, nous allons suivre deux approches. La première consiste Ă  suivre des communautĂ©s au cours du temps en les dĂ©tectant Ă  chaque instant et en suivant leur Ă©volution. Nous verrons que bien que très naturelle, cette approche pose de nombreuses questions de stabilitĂ© : les algorithmes ont tendance Ă  modifier beaucoup leur rĂ©sultat mĂŞme si le rĂ©seau change peu. Cela implique que les transformations observĂ©es dans les communautĂ©s sont en fait liĂ©es Ă  l’algorithme et non Ă  l’Ă©volution de la structure du rĂ©seau. Nous proposerons donc une analyse de l’instabilitĂ© de trois algorithmes et une solution que nous validerons sur plusieurs graphes de terrain. La deuxième approche consiste Ă  dĂ©tecter la structure communautaire non pas juste pour un instant mais pour une pĂ©riode donnĂ©e appelĂ©e la fenĂŞtre de temps. La durĂ©e de la pĂ©riode est alors un problème crucial et nous proposons une mĂ©thode de dĂ©composition en fenĂŞtres de temps dans un graphe dynamique. Une particularitĂ© de la mĂ©thode est que le rĂ©sultat est un regroupement hiĂ©rarchique : les fenĂŞtres de temps sont elles-mĂŞmes susceptibles d’en contenir. En outre, les fenĂŞtres n’ont pas besoin d’ĂŞtre contiguĂ«s ce qui permet par exemple de dĂ©tecter une structure se rĂ©pĂ©tant. Enfin, nous conclurons par des applications Ă  la dĂ©tection d’Ă©vĂ©nements sur Internet et la segmentation de vidĂ©os. Nous montrerons que l’on peut dĂ©tecter des Ă©vĂ©nements en trouvant les moments oĂą la structure change brutalement et montrerons que nous dĂ©tectons Ă  la fois de nouveaux Ă©vĂ©nements et des Ă©vĂ©nements dĂ©jĂ  identifiĂ©s par d’autres mĂ©thodes. Pour la segmentation de vidĂ©os, nous avons aussi eu des problème de stabilitĂ© et nous avons donc dĂ©veloppĂ© une mĂ©thode plus stable de suivi et de dĂ©tection.

Dynamique des graphes de terrain : caractérisation et étude du biais lié à la mesure

Lamia Benamara

Mardi 29 novembre 2011 Ă  11h, en salle 25-26 / 105

Les graphes de terrain apparaissent dans de nombreux contextes : rĂ©seaux informatiques, rĂ©seaux biologiques, rĂ©seaux sociaux, graphes issus du web, etc. Jusqu’Ă  rĂ©cemment ces objets Ă©taient principalement Ă©tudiĂ©s sous un angle statique. Or, la plupart de ces graphes sont en rĂ©alitĂ© des graphes dynamiques. Cette dynamique peut apparaĂ®tre d’une façon diffĂ©rente selon les contextes : rĂ©seaux sociaux dans lesquels des connexions entre individus apparaissent et disparaissent au cours du temps, graphes du web dans lesquels des pages sont créées ou supprimĂ©es, etc. Un grand nombre de rĂ©sultats de ces 10 dernières annĂ©es ont introduit un ensemble d’outils pour l’analyse et la description des graphes statiques, mais peu a Ă©tĂ© fait pour l’Ă©tude de leur dynamique. Nous avons abordĂ© dans cette thèse la problĂ©matique de la caractĂ©risation de la dynamique des graphes de terrain tout en prenant en compte le biais liĂ© Ă  la mesure, en nous appuyant sur des cas concrets de graphes dynamiques. Nos contributions se sont orientĂ©es dans deux directions. Nous nous somme tout d’abord intĂ©ressĂ©s Ă  l’Ă©tude du biais dans l’observation de la dynamique induit par le fait que la pĂ©riode d’observation est finie. Nous avons proposĂ© une nouvelle mĂ©thodologie qui permet de dĂ©terminer si la longueur de la pĂ©riode d’observation est suffisante pour une caractĂ©risation rigoureuse d’une propriĂ©tĂ© donnĂ©e. Cette mĂ©thodologie est gĂ©nĂ©rique et peut ĂŞtre appliquĂ©e Ă  n’importe quelle propriĂ©tĂ© caractĂ©risant un graphe de terrain dynamique. Pour dĂ©montrer la pertinence de notre mĂ©thodologie, nous l’avons appliquĂ©e Ă  l’Ă©tude de diffĂ©rentes propriĂ©tĂ©s dans un système P2P. Notre deuxième contribution consiste en une approche pour Ă©tudier des graphes dynamiques. Nous avons cherchĂ© Ă  la fois Ă  caractĂ©riser la dynamique globale de ces systèmes, et Ă  identifier les Ă©ventuels nĹ“uds ayant un comportement particulier. Nous avons Ă©tudiĂ© plusieurs jeux de donnĂ©es issus de rĂ©seaux de contacts entre personnes et nous avons montrĂ© que chaque jeu de donnĂ©es a ses particularitĂ©s. Nous avons Ă©galement constatĂ© que certaines caractĂ©ristiques sont partagĂ©es par tous les jeux de donnĂ©es. En particulier, la dynamique globale du rĂ©seau change en fonction de la pĂ©riode d’observation et le comportement de certains nĹ“uds diffère du comportement global du système.

Diffusion dinformation et structure en communautés dans un réseau de blogs

Abdelhamid Salah Brahim

Jeudi 8 dĂ©cembre 2011 Ă  10h30 – salle 25-26 / 105

On peut modĂ©liser de nombreux objets issus du monde rĂ©el par des graphes. Ces objets sont issus de contextes très diffĂ©rents (ex. rĂ©seaux informatiques, sociaux ou biologiques), cependant ils se ressemblent au sens de certaines propriĂ©tĂ©es statistiques. On les dĂ©signe sous le terme gĂ©nĂ©ral de graphes de terrain (complex networks en anglais) ou grands graphes d’interaction. L’analyse des graphes de terrain est probablement le plus grand champ de recherche du domaine et l’Ă©tude des phĂ©nomènes de diffusion constitue un des axes importants dans la comprĂ©hension de ces objets. Beaucoupde prĂ©cĂ©dentes Ă©tudes ont Ă©tĂ© menĂ©es sur la diffusion avec une approche thĂ©orique mais avec l’apparition de donnĂ©es issues du monde rĂ©el de plus en plus riches, une approche empirique de l’analyse de ces rĂ©seaux est apparue comme une nĂ©cessitĂ©. La diffusion peut ĂŞtre de diffĂ©rentes natures: diffusion d’information, d’idĂ©es ou d’opinion. Cette diffusion est vue dans la plupart des travaux comme le rĂ©sultat de l’interaction entre les Ă©lĂ©ments du rĂ©seau (i.e. les nĹ“uds du graphe). En complĂ©ment de cette vision, nous considĂ©rons dans cette thèse que la diffusion, en plus de se produire entre les nĹ“uds, est aussi le rĂ©sultat de l’interaction entre des groupes de nĹ“uds, appelĂ©s communautĂ©s, qui ont des propriĂ©tĂ©s en commun. On dit que le rĂ©seau possède une structure en communautĂ©s. Cette approche ouvre de nouvelles perspectives pour la comprĂ©hension et la caractĂ©risation des graphes de terrain. L’objectif de cette thèse est d’Ă©tudier les phĂ©nomènes de diffusion de manière empirique non seulement Ă  l’Ă©chelle des nĹ“ud mais Ă  diffĂ©rents niveaux de la structure en communautĂ©s. A l’aide d’une approche statistique, nous proposons un ensemble de mĂ©thodes et de mĂ©triques pour aborder la diffusion sous un nouvel angle et aller plus loin dans la caractĂ©risation de ces phĂ©nomènes .Nous nous proposons d’Ă©tudier les liens de diffusion au sein d’un rĂ©seau de blogs francophones. Nous montrons en premier lieu l’impact des communautĂ©s sur la popularitĂ© des blogs et distinguons des classes de comportement. Cela nous conduit Ă  investiguer les interactions entre les communautĂ©s. Pour ce faire, nous dĂ©finissons deux mesures: la distance communautaire et l’Homophilie. En dernier lieu, nous Ă©tudions la diffusion de proche on proche dans le graphe, caractĂ©risĂ©e par des cascades de diffusion. Nous montrons que notre approche permet de dĂ©tecter et d’interprĂ©ter les diffĂ©rents comportements de diffusion et de faire le lien entre les propriĂ©tĂ©s topologiques, temporelles et communautaires.

Deciding on the type of the degree distribution of a graph (network) from traceroute-like measurements

Xiaomin Wang

Mardi 13 dĂ©cembre 2011 Ă  10h – salle 25-26 / 105

The degree distribution of the Internet topology is considered as one of its main properties. However, it is only known through a measurement procedure which gives a biased estimate. This measurement may in first approximation be modeled by a BFS (Breadth-First Search) tree. We explore here our ability to infer the type (Poisson or power-law) of the degree distribution from such a limited knowledge. We design procedures which estimate the degree distribution of a graph from a BFS or multi-BFS trees, and show experimentally (on models and real-world data) that our approaches succeed in making the difference between Poisson and power-law degree distribution and in some cases can also estimate the number of links. In addition, we establish a method, which is a diminishing urn, to analyze the procedure of the queue. We analyze the profile of the BFS tree from a random graph with a given degree distribution. The expected number of nodes and the expected number of invisible links at each level of BFS tree are two main results that we obtain. Using these informations, we propose two new methodologies to decide on the type of the underlying graph.

Génomique comparée et fouille de données enzymatiques

Olivier Lespinet

Jeudi 1er Décembre 2011, 11h, Amphi Herpin (bât. Esclangon)

Les champignons possèdent une très grande variĂ©tĂ© d’enzymes aux nombreuses applications potentielles. Nos travaux visent Ă  Ă©tudier l’ensemble de cette diversitĂ© enzymatique afin de comprendre comment elle a pu prendre place et se maintenir au cours du temps. En utilisant des mĂ©thodes d’apprentissage et de fouille de donnĂ©es nous essayons Ă©galement de voir dans quelle mesure la capacitĂ© enzymatique des champignons permet de rendre compte de leur Ă©volution.

PORGY : Un environement interactif et visuel pour la réécriture de graphes adapté aux systèmes complexes

Bruno Pinaud

Jeudi 17 Novembre 2011, 11h, salle 25-26/105

Les systèmes de réécriture de graphes sont simples Ă  expliquer : ils rĂ©alisent des modifications sur un graphe en remplaçant des sous-graphes sĂ©lectionnĂ©s au prĂ©alable sur la base de règles de transformations. NĂ©anmoins, la combinaison des règles pour leur application transforme l’Ă©tude de ces systèmes en un problème complexe. A cause de cela, les experts de ces systèmes se satisfont bien souvent de reprĂ©sentations textuelles ou alors de dessins fait Ă  la main pour reprĂ©senter les règles de transformations. Au cours de cet exposĂ©, je prĂ©senterai PORGY qui est un environnement visuel et interactif pour la réécriture de graphe. Cet environnement conçu avec des experts de réécritures de graphes qui avaient envie d’un vĂ©ritable système interactif et visuel permet de construire, simuler et raisonner de façon visuelle et interactive sur le système complexe Ă  Ă©tudier.